上海理工大学一共有6个校区：军工路校区（本部）、军工路南校区（原上海海洋大学校区）、浦东拱极路校区（原南汇区拱极路校区）、水丰路校区（上海理工大学上海出版印刷高等专科学校）、营口路校区（上海理工大学上海医疗器械高等专科学校）和复兴路校区（上海理工大学中英国际学院）。

军工路校区是校本部，除个别学院外的绝大多数学院本科生和研究生都在此。

营口路校区是原上海医疗器械高等专科学校，现在该校区还是专科生。2004年，上海理工大学合并了上海医疗器械高等专科学校，在军工路校区成立了医疗器械与食品学院，培养本科人才，营口路校区还是专科。

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