目前，云南大学共设有28个硕士学位授权一级学科，涉及工学、理学、农学、医学、管理学、法学、文学、教育学、艺术等多个领域。

工学类硕士研究生专业包括控制科学与工程、电子与通信工程、计算机科学与技术、软件工程、交通运输工程等等；

理学类硕士研究生专业包括数学、物理学等等；农学类硕士研究生专业包括植物保护、园艺等等；

医学类硕士研究生专业包括公共卫生与预防医学、基础医学等等；

管理学类硕士研究生专业包括会计学、管理科学与工程等等；

法学类硕士研究生专业包括法律硕士、民商法硕士等等；

文学类硕士研究生专业包括中国语言文学、对外汉语教学等等；

教育学类硕士研究生专业包括教育学、体育人文社会学等等；

艺术类硕士研究生专业包括艺术史论、音乐等等。

云南大学的王牌专业有国家级重点专业（民族学、生态学）；国家基础学科人才培养基地（历史学、数理基础科学、生物科学、生物技术）；与中科院合办的菁英班（天文学、生态学、生物科学、大气科学、地球物理学、地质学）；卓越人才培养计划（法学、软件工程、网络工程、制药工程、物联网工程、城乡规划、电子信息工程、信息安全、新闻学、物流管理、数字媒体技术、计算机科学与技术）；国家级特色专业（环境科学、化学、公共事业管理、计算机科学与技术、汉语言文学、国际经济与贸易、政治学与行政学、大气科学、生态学、新闻学、网络工程、旅游管理）；省级特色专业（经济学、数理基础科学、信息安全、英语、民族学、金融学、行政管理、法学、制药工程）等。