1964年6月，广州市员村工人门诊部成立。

1965年6月，广州市员村工人医院正式成立。

1969年，医院收归市政府所有，更名为广州市第六人民医院。

1973年，复名为广州市员村工人医院。

1984年，定名为广州市第六人民医院。

2007年，医院建制移交中山大学，成为中山大学八大直属附属医院之一，命名为中山大学附属第六医院，又名中山大学附属胃肠**医院，简称中山六院。

2011年6月24日和9月14日，广州市卫生局和广东省卫生厅先后同意，将中山六院纳入新一轮区域卫生规划，并按三级医院设置。

2012年6月6日，值医院挂牌五周年之际，14万平方米的医院综合大楼正式启用，配置床位1200张，更配备当前最高端的、唯一能实现真正动态容积的640层CT，标志着医院真正迈入国内先进医疗行列，这也成为医院新的发展契机。