中国科学院沈阳应用生态研究所成立于1954年10月15日，其前身为中国科学院林业土壤研究所，1987年更为现名，2001年被正式批准为中科院国家知识创新工程试点单位，2015年进入中科院“特色研究所”首批试点。中国科学院沈阳应用生态研究所研究内容主要围绕中国国家农业、林业可持续发展、生态与环境建设中急需解决的重大问题和应用生态学的发展需要，在森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程、污染生态与环境生态工程领域开展基础性、战略性和前瞻性研究，丰富和发展森林生态学、农田生态学和污染生态学的基础理论，为中国主要退化生态系统恢复与重建，改善生态与环境，保障食物安全提供科学依据与关键技术。1截至2014年底，沈阳生态所共有在职职工371人。其中科技人员216人，科技支撑人员87人，包括研究员及正高级工程技术人员74人、副研究员及高级工程技术人员 98人；共有在学研究生 337人 (其中博士生162人、硕士生/175人)、 在站博士后25人。

自1954年建所以来，该所共获得科技成果510项，其中：国家奖30项，省部级奖188项；尤其近五年来该所取得了一系列重大的科技成果；高质量论文呈持续较大增长趋势，学术影响不断扩大。据院规划战略局发布的监测数据反馈报告（2010.04）：“与2004年相比，全院及资环组高质量论文整体呈稳步增长，沈阳应用生态所高质量论文呈持续较大增长趋势”。在Journal of Ecology、Global Change Biology、Journal of Geophysical Research、Agriculture & Forest Meteorology、Soil Biology & Biochemistry、Journal of Agricultural & Food Chemistry、Environmental Science & Technology、Geochimica et Co**ochimica Acta等生态、环境和农业领域有重要影响的国际期刊上发文量持续增多。 据中国科学技术信息研究所“中国科技论文统计结果”排名，2008年沈阳生态所在环境科学类SCI论文高产机构排名（含国内大学及研究机构）中位列第14位，MEDLINE收录论文位列国内研究机构的第16位，国内论文数位列全国研究机构的第18位，国内论文被引用次数（3124次）位列全国研究机构的第8位。

据中国科学技术信息研究所“中国科技论文统计结果”排名，2008年沈阳生态所在环境科学类SCI论文高产机构排名（含国内大学及研究机构）中位列第14位，MEDLINE收录论文位列国内研究机构的第16位，国内论文数位列全国研究机构的第18位，国内论文被引用次数（3124次）位列全国研究机构的第8位。 改革和创新，使沈阳应用生态研究所实现了快速发展，科技竞争力快速提升、科技产出丰硕、对社会贡献加大，并吸引和凝聚了一批国内外优秀科技人才，为新世纪的发展奠定了基础。

科技竞争力快速提升。1998-2001年，全所共承担国家攻关课题21项、国家重点基础研究课题4项、国家自然科学基金47项、中科院重点、重大、创新及百人计划项目35项、省市课题60项、国际合作项目22项、横向委托项目55项。其中：国家863项目《新型缓控释肥料、生物肥料、高效有机无机复合肥》、国家十五科技攻关项目《科尔沁沙地退化草地植被恢复重点技术示范区》和国家计委产业化项目《内蒙古库布其沙地植被快速建设产业化示范工程》获得项目级主持地位，是该所国家级重大项目争取上的重要突破，创收能力大幅增强。