北航自动化好。

根据2022年QS世界大学学科排名，北航自动化工程学科排名全球第51-100名，而仪器科学与技术学科排名全球第101-150名。此外，北航自动化工程学科在国内排名也较高，是全国重点学科之一。北航自动化工程学科拥有一支优秀的师资队伍和完善的实验室设施，培养出了大量优秀的人才，深受用人单位的青睐。因此，从排名和师资力量等多个方面来看，北航自动化更为优秀。

当然，选择专业还需考虑自己的兴趣和职业规划。如果对仪器科学与技术更感兴趣，也可以选择该专业。