根据《国务院办公厅关于印发农业部职能配置内设机构和人员编制规定的通知》（国办发[1998]88号）精神和《农业部关于调整部属畜牧兽医单位机构编制的决定》（农人发[2006]3号）批复中国兽医药品监察所（中心）主要职责如下：

（一）承担兽药（包括兽用生物制品，下同）质量标准、兽药实验技术规范、兽药审评技术指导原则的制、修订工作；承担全国兽药的质量监督及兽药违法案件的督办、查处等工作；负责兽药质量检验和兽药残留检验最终技术仲裁；负责全国兽用生物制品批签发管理和兽药产品批准文号审查工作。

（二）承担新兽药和外国企业申请注册兽药的技术审评工作，提出审评意见。

（三）承担兽药生产质量管理规范（GMP）、临床及非临床试验管理规范（GCP、GLP）检查验收工作；组织开展省级兽药监察所资格认证工作；指导省级兽药监察所和有关兽药生产企业的质量检验工作。

（四）承担兽药残留标准的制、修订工作；承担兽药残留监控工作；开展兽药残留检测工作；承担国家兽药残留基准实验室和省级残留试验室的技术指导工作。

（五）承担兽医器械标准的制、修订及检验测试工作；承担全国兽医器械的质量监督工作。

（六）承担兽药检验标准物质标准的制、修订工作；负责兽药标准物质的研究、制备、标定、鉴定及供应等工作。

（七）承担兽药的风险评估和安全评价；承担Ⅰ类、Ⅱ类兽医病原微生物菌（毒）种的试验和生产条件的审查工作；负责国家兽医微生物菌（毒、虫）种保藏、提供和管理工作，承担行业实验动物管理工作。

（八）参与起草兽药、兽医器械管理的法律、法规；开展相关检验技术研究、行业技术培训及国际技术交流与合作。

（九）承担兽药、兽医器械综合评价工作；跟踪了解兽药、兽医器械科研、生产、经营及使用等方面信息，承担相关信息发布工作。

（十）承担农业部委托的其他工作。