学院围绕创新特色体系，建有多层次的教学科研平台。现已有教育部“核受体肿瘤分子靶点与药物开发”创新团队、海洋活性物质功能、质量和安全性评价技术平台（国家海洋局-厦门市）、南方海洋创新药物研发平台（国家海洋局“十三五”海洋经济创新发展示范城市项目）、福建省新药物靶点研究重点实验室、厦门化学创新药研发重大平台、厦门市代谢性疾病重点实验室、厦门市肿瘤细胞与分子诊疗重点实验室、厦门市靶点新药工程技术研究中心、厦门市林下中药资源工程技术研究中心、厦门生物医药协同创新中心；参与建设两岸关系和平发展协同创新中心（国家级）、细胞信号网络协同创新中心（国家级）。

并建有福建省药学人才培养创新实验区、福建省药学实验教学示范中心。与地方政府、医药企业、科研院所开展产学研合作，联合共建17个校外教学实习实践基地（校级4个），13个研发中心、成果转化中心、技术服务中心，此外还建有1个院级对外公共服务平台。

学院立项有863课题、973子课题、国家基金重大研究计划项目、“重大新药创制”国家科技重大专项、国家国际科技合作专项、教育部科技研究重大项目等重要课题，取得了多项国际先进水平的科研成果。近年来，学院教师接连在《化学评论》（Chemical Reviews，影响因子40.197）、《细胞》（Cell，影响因子31.957）、《癌细胞》（Cancer Cell，影响因子25.888）、《自然医学》（Nature Medicine，影响因子22.462）、《分子细胞》（Molecular Cell，影响因子15.280）等国际顶尖学术杂志上发表多篇学术论文，揭示癌症、艾滋病、白血病等疾病的机理和潜在治疗药物分子，成果屡受《自然》（Nature）杂志旗下多种刊物高度评价及关注，深具重大的科研价值和广阔的应用前景。学院瞄准国家人口与健康的需求，专注于癌症等多种重大疾病的前沿科研，已产出了一批具有鲜明自主创新特色的科研成果，研发的原创性治疗药物、治疗方法、诊断试剂和疫苗等系列成果转化应用于临床；原创抗癌靶点药物K-80003获得美国FDA临床实验许可批件，开展晚期结直肠癌临床测试，有望产生拥有自主知识产权的一类新药。

学院与国内外科研院校、大型医药企业和地方政府紧密联系，开展多层次合作。学院与美国桑福德-伯纳姆-普利贝斯医学研究所（Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute）、新加坡分子与细胞生物学研究院（Institute of Molecular and Cell Biology, Singapore）、美国辛辛那提大学药学院（College of Pharmacy, University of Cincinnati）、美国加州大学伯克利分校（University of California, Berkeley）、英国纽卡斯尔大学生物医学科学院（School of Biomedical Sciences, Newcastle University）、台北医学大学药学院等境外院校开展密切的教学、科研合作与交流，输送学生出国长期或短期留学、交流，联合培养国际型拔尖人才。

学院位于厦门大学翔安新校区，建有一万五千平方米的药学院大楼，配备国际水准的尖端仪器设备和高等级实验室，综合办学条件优越，能够满足本、硕、博多层次的教学和科研需求。学院立足海西、面向国际，努力建设成为我国重要的自主创新药物研发中心与专业人才培养基地、海峡西岸经济区生物医药产业创新与产业化动力源头。