这两个是不一样的，控制科学与工程是学术学位的，而控制工程是专业学位的。前者偏重于理论，学制通常为三年，后者更偏重于工程应用，学制是两年的。

浙江工业大学这两个专业还是可以的，简介如下：

控制科学与工程学科具有一级学科硕士点、一级学科博士点和博士后流动站，拥有“信息处理与自动化技术”浙江省重中之重学科、浙江省嵌入式系统联合重点实验室、浙江省嵌入式系统教学示范中心、浙江省电工电子教学示范中心等多个教学、科研和人才培养基地。该学位点依托浙江省通信与信息系统重点学科和浙江省网络通信技术及应用重点实验室。共有硕士生导师25人，教授15人，其中浙江省钱江特聘教授1人。近年来，本学科承担包括国家自然科学基金、浙江省科技厅重点项目、浙江省自然科学基金及企业合作项目等共计一百余项，科研经费超过1500万元，其中多项科研成果获得省部级奖励，并在产业化中获得应用和推广。同时，在国内外电子与通信领域权威学术期刊和学术会议上发表学术论文100多篇，50多篇论文被SCI、EI等收录。本学位点在东方通信、银江科技集团、西湖电子、华星创业等多家电子通信上市公司建立了研究生培养基地。

控制工程领域涉及工业、农业、军事、社会经济、交通运输等几乎所有的国民经济和国防领域。该专业学位硕士培养从事控制系统和装置研究、设计、开发、管理和运行维护的高级工程技术人才，以满足现代工业、农业、国防等社会经济领域日益增长的自动化、智能化对高级工程人才的需求。该专业学位硕士的培养依托“信息处理与自动化”浙江省重中之重学科、浙江省嵌入式系统联合重点实验室，和银江集团、信雅达、西湖电子、和利时等多家信息处理与自动化技术方面的上市公司建立了专业学位硕士研究生的联合培养基地；该领域师资力量雄厚，有教授20名，国家和省部级高层次人才十多人；近年来，承担了几十项国家级、省部级重大科技项目，科研成果达到国际先进水平，并获得应用和推广，经济和社会效益显著，获国家科技进步二等奖1项，省部级科技成果奖10余项。