根据国家重点学科建设来看应该是：

基础数学——北京大学、清华大学、南开大学、复旦大学、南京大学、浙江大学、中国科学技术大学、中山大学、四川大学

计算数学——北京大学、大连理工大学、吉林大学、西安交通大学

概率论与数理统计——北京大学、北京师范大学、南开大学、中国科学技术大学、中南大学

应用数学——北京大学、清华大学、南开大学、复旦大学、浙江大学、新疆大学、四川大学

运筹学与控制论——复旦大学、山东大学

另外现在的网传排名是：

名次学校名称整体水平学术队伍科学研究人才培养学术声誉

1北京大学1（100）1（100）1（100）1（100）1（100）

2复旦大学2（89.74）2（90.87）4（84.83）2（87.69）2（97.99）

3浙江大学3（83.98）4（80.22）3（87.46）6（75.25）7（90.06）

4南开大学4（83.26）5（79.3）7（78.86）3（78.71）3（96.36）

5中山大学5（81.39）8（75.4）2（89.14）13（69.23）11（86.26）

6中国科学技术大学6（79.11）10（73.95）9（77.63）12（69.66）4（93.7）

7四川大学7（79.06）6（77.43）6（79.1）15（69.17）8（89.88）

8南京大学8（77.63）23（65.75）8（77.84）14（69.22）5（92.89）

9清华大学9（77.59）9（74.08）11（74.79）10（69.86）6（91.37）

10北京师范大学10（77.42）3（83.44）14（72.48）11（69.76）10（88.41）

11华东师范大学11（75.87）11（73.13）12（74.03）7（71.75）12（84.19）

12吉林大学12（72.46）27（64.08）24（65.6）9（70.34）9（89.18）

13中南大学13（71.97）17（68.9）5（79.53）18（66.26）27（68.91）

14大连理工大学14（71.91）21（67.43）13（73.43）19（65.29）14（79.06）

15西安交通大学15（71.81）30（60.51）21（67）4（76.9）13（80.22）

16哈尔滨工业大学16（71.61）20（67.58）19（68.12）5（76.04）15（74.46）

总体来说北京大学数学系是公认最好的，此外复旦大学，南开大学，浙江大学，中山大学，中国科学技术大学，南京大学，四川大学都还不错。

楼上说的北航则更擅长工科一些。

我是数学系的学生，这些是我的看法，自我感觉应该差不多。