中国财政科学研究院和中央财经大学相比中央财经大学要更强一些。

中央财经大学是211工程大学，中央财经大学是中国财经类大学里排名数一数二的好大学，有财经类黄埔军校的称号。尤其是会计、金融、财政、保险精算、经济学等王牌专业。

学校始建于1949年11月6日，创办之初由财政部主管，校名先后为中央税务学校、中央财政学院；1952年8月，与北京大学、清华大学、燕京大学、辅仁大学的经济系科合并成立中央财经学院，由高等教育部主管。

1996年5月，中央财政金融学院更名为中央财经大学；1998年10月，在中央财政金融干部学校基础上成立的中央财政管理干部学院并入中央财经大学；2000年2月，学校由财政部划转教育部直属管理。

中央财经大学的学科建设：

截至2019年12月，中央财经大学拥有1个世界一流建设学科；拥有1个一级学科和1个二级学科国家重点学科；拥有2个一级学科、3个二级学科和2个交叉学科北京市重点学科；拥有5个博士学位授权一级学科，16个硕士学位授权一级学科，18个硕士专业学位授权类别；拥有5个博士后科研流动站。

博士后科研流动站：应用经济学、理论经济学、工商管理、统计学、马克思主义理论、统计学。

以上内容参考：百度百科—中央财经大学

判断哪个更好，需要根据个人兴趣、专业方向和职业发展目标进行综合考量。中国财政科学研究院和北京交通大学都是中国的知名高等院校，各自在不同领域具有一定的声誉和优势。中国财政科学研究院是为财政部直属事业单位，是1956年6月根据毛泽东主席关于财政部要加强财政经济问题研究的指示成立。