中国科学院微电子研究所好。根据查询相关***息显示：作为中国科学院知识创新工程试点单位，本着惟精惟一、求是求新的办所精神，微电子所确立了研究所的办所方针和发展目标：打造现代化的高技术研究机构。面向国家在微电子领域的战略需求，加强关键技术创新与集成，承担重点科技攻关与产品开发；面向产业发展需求，建设开放平台，通过全方位合作积极推进成果的应用开发和产业化；拓展前沿技术与基础研究领域，发展交叉学科方向。成为我国IC技术和产业领域一个技术创新基地和高素质高层次人才培养基地，为促进国家微电子技术进步和自主创新，实现产业的可持续发展做出贡献。

首先申明我本人不是微电子所的，但我有同学曾经保送微电子所的研究生，据我所知，微电子所是中科院系统中微电子方面最好的研究所，实力很强，师资和设备也都很好，最重要的是一般中科院系统给研究生的待遇都要比高校高出许多，就全国范围来看，微电子领域最出名的就算中科院和复旦了（这是成都电子科大的一个老师这样认为的），但中科院从事微电子方面的研究所很多，力量相对分散，半导体所、微系统所等都从事微电子方面的研究，而且一般中科院的研究生都是要求读博士的，复旦大学的微电子出名很早，社会影响较大，同时又有全国唯一的集成电路设计方面的国家重点实验室，不过研究生的待遇相对中科院来说就低很多，现在一般也就一个月几百块钱，所以中科院微电子所和复旦是各有利弊，就看楼主的选择了，不推荐中科院系统中除了微电子所以外的其他从事微电子研究的研究院所。