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南京水利科学研究院（NanjingHydraulicResearchInstitute）简称南京水科院，是中国综合性水利科学研究机构、国家级社会公益类非营利性科研机构。[1]主要从事基础理论、应用基础研究和高新技术开发，承担水利、交通、能源等领域中具有前瞻性、基础性和关键性的科学研究任务。同时受水利部、交通运输部、国家能源局领导。

中国水利水电科学研究院隶属中华人民共和国水利部，是从事水利水电科学研究的公益性研究机构。院本部由位于北京海淀区的南、北两座院落，以及大兴试验基地和延庆试验基地组成。京外有位于呼和浩特市的牧区水利科学研究所和天津市的水利电力机电研究所。

本院历史可追溯到1933年，前身为中国最早的水利科学研究机构—中国第一水工实验所，几经变迁，于1958年经国务院规划委员会批准，将多家单位合并，组建了水利水电科学研究院，1994年经国家科委批准更名为中国水利水电科学研究院。

历经五十余年的发展，本院已建设成为学科门类齐全、人才优势明显的国家级综合性水利水电科学研究和技术开发的中心。截止2011年底，全院共有职工1411人，其中院本部1159人，牧区水利科学研究所137人，天津水利电力机电所115人，拥有中科院院士2人，工程院院士5人，具有正高级专业技术职务189人，具有副高级专业技术职务379人。现有13个非营利研究所、5个科技企业、1个综合事业部和1个后勤企业，拥有4个国家级研究中心、6个部级研究中心。主要研究领域覆盖了水文学与水资源、水环境与生态、防洪抗旱与减灾、水土保持与江湖治理、农村与牧区水利、水利史、水力学、岩土工程、水工结构与材料、工程抗震、机电、自动化、工程监测与检测、风能等可再生能源、信息化技术等多个学科方向。具有工程咨询甲级资格证书（水利工程、水电）、水文与水资源调查评价甲级资质证书、建设项目环境影响评价甲级资质证书、建设项目水资源论证甲级资质证书、水土保持监测甲级资格证书、水土保持方案编制甲级资格证书、水利工程质量检测甲级资质（岩土类、混凝土工程类、量测类）、水利工程施工监理甲级资质证书、工程勘察甲级证书、文物保护工程勘察设计甲级资质证书、对外承包工程资格甲级资质（工程建设类、非工程建设类），以及工程设计、设备制造监理、计算机信息系统集成等资质，通过了国家计量认证、ISO9001质量管理体系认证等，被遴选为北京市政府固定资产投资项目咨询评估机构以及水利部水利水电建设工程蓄水安全鉴定和大中型水闸安全评价单位。

本院拥有1个国际中心为挂靠本院的中美节水灌溉联合研究中心；4个国家级中心分别为国家节水灌溉北京工程技术研究中心、国家农业灌排设备质量监督检验中心、国家水电可持续发展研究中心和国家能源水能高效利用与大坝安全技术研发中心；6个部级中心分别为水利部防洪抗旱减灾工程技术中心、水利部水资源与水生态工程技术研究中心、水利部水土保持生态工程技术研究中心、水利部草地水土保持生态研究中心、水利部水环境监测评价研究中心和水利部遥感技术应用中心。建有1个国家级重点实验室为流域水循环模拟与调控国家重点实验室，2个部级重点实验室分别为水利部水工程建设与安全重点实验室和水沙科学与江河治理重点实验室，另有18个院级专业实验室，配备大型高速水流减压箱、大型三向六自由度模拟地震振动台、离心模拟试验机、水力机械模型通用试验台、水质色谱-质谱联机仪等许多在规模和性能方面均位于国内外前列的重要仪器设备，以及一大批自主开发的水利水电计算机软件和大型高性能的并行计算平台，为科学研究创造了优良的科研基础条件。

多年来，本院主持承担了一大批国家级重大科技攻关项目和省部级重点科研项目，承担了国内几乎所有重大水利水电工程关键技术问题的研究任务，还在国内外开展了一系列的工程技术咨询、评估和技术服务等科研工作。全院各类科研合同额逐年稳步增长，研究取得了一大批原创性、突破性科研成果。2011年，通过验收鉴定成果318项，荣获国家科学技术进步二等奖1项，省部级科技进步奖22项；出版专著38部，发表学术论文778篇，撰写各类科研报告728份；获得专利授权公告45项。