2001.05 上海交通大学软件学院正式成立。

2001.09 从全校2003届、2004届非计算机专业中招收本科二年级后的插班生共218名，招收一年级本科生150名，2002年秋 2003年春共招收工程硕士362名。

2001.12 通过教育部答辩，被批准为教育部示范性软件学院。

2002.06 上海联和投资公司、微软（中国）公司、浦东软件园、上海交通大学四投资方签署关于共建上海交通大学软件学院的《合作办学协议》。

2002.09 四投资方成立学院理事会，确定实施理事会领导下的院长负责制。

召开第一次学院理事会会议，研究审议学院成立以来所开展的工作。

2002.12 与Microsoft、Intel、IBM、HP等八大国际著名软件公司签署联合建立学生实践基地的协议。

2003.01 成立国际合作的高可靠软件系统实验室。

2003.03 召开第二次学院理事会会议，研究审议学院成立以来所开展的工作。

2003.06 首届软件学院本科生毕业，教育部、上海市有关领导前来祝贺。104名本科生全部实现高质量的升学、就业和出国深造。

2003.07 首次实施三学期制，大三学生在为时两个月的大型课程设计课程中，经受锻炼，成效显著。

2003.09 首届工学硕士入学，软件学院按创新思路培养软件工程工学硕士研究生。

2003.09 上海交大-Intel软件工程实验室在软件学院成立。

2003.09 通过教育部中期评估，并获得好评。

2003.09 软件大楼结构封顶。

2003.11 微软公司副总裁凌大任博士访问软件学院并受聘出任上海交通大学软件学院名誉院长；微软亚洲研究院副院长沈向洋博士受聘上海交大客座教授。

2003.11 软件学院成立嵌入式系统实验室、软件系统架构实验室、数字医疗实验室。

2003.12 全国软件学院建设工作会议在上海交通大学软件学院举行。

2004.02 282名软件工程硕士新生入学，按七个学科方向进行培养。