毫无疑问，建议选择川大。

川大和厦大都是好学校，是各自城市的招牌性大学，都是985副部级大学、“珠峰计划”大学。

但若只看工科，明智的选择显然是去川大。川大是文理工医的综合类大学，厦大只是文理类大学（其中化学和财会类是厦大的优势学科）。2011年的大学工科排名，川大工科是全国第15名，厦大工科是50名开外（厦大的工科实力未必比得上同省的福州大学），差距还是很大的。

川大是老川大、成都科大、华西医大三所全国重点大学合并而来的。厦大未合并。厦大相当于川大三校中的老川大，文理科优秀但基本没工科。然而，川大还合并了成都科学技术大学，工科较强，这是厦大所不具备的。

成都科大当年是中科院三所直属全国重点大学之一（中科大、浙大、成都科大），后来又与浙大一起转归国家教委，成为全国10来所国家教委直属的重点工科大学之一。在与四川大学合并前，成都科大的国家重点学科、国家重点实验室、科研经费等各方面基本都是西南地区第1名，全国理工类大学前10名左右。合并前的成都科技大学的工科综合实力及各种重要指标，是西南地区最强的。所以现在的川大的工科往往能排全国第10多名。（而厦大基本上是纯文理类大学）。

不过，川大工科的优势学科主要是化工、材料、水利、电力、高分子、轻工、生医工程、计算机、核工程等学科，而自动化学科相对比较一般（读自动化的话，西部地区推荐西安交大，华东地区推荐上交、东南、南理工等），但该学科也明显比厦大强（厦大的工科远逊于川大）。

此外，也得结合你具体考什么专业了，因为自动化这个本科专业，并没有对应的“自动化”这个研究生一级学科或二级学科。所以，你的报考方向，也是选择学校的根据之一。如果你是考电力系统自动化，或者机械设计自动化，那么川大是相当不错的选择，尤其是川大的电力系统自动化，是老牌子了，全国前10名左右，就业基本都是去电力系统单位。川大的机械设计类也不错。不过如果你是考控制工程方面的学科（该学科与自动化本科专业可能最为对应），那么就不推荐川大了（当然更不推荐厦大），控制类学科西部推荐西交、重大、两电，东部推荐上交、东南、南理工等。你可以根据你要报考的方向再多了解和比较。

回到楼主的问题，当然选川大。其实只要是工科比较（川大和厦大），川大基本上都完胜厦大无疑。