中科院的话看你考那个所呢 ， 核心的所，比如北京的电子所，自动化所，软件所，计算所之类的实力和清华大家各有伯仲 。 但是中科院的非核心所 ，一些京外的所的话，实力就和清华差很多了 。

中科院的好处在于 学费住宿费全免 ，国家的项目比较多 ，平均每个老师每年招的人很少 。我知道软件所差不多一个老师一年招一个人。明显的缺点是没有在学校的气氛 ，都是以研究所为单位。

清华的好处在于 社会声誉更好 ，经过高考的没有不知道的 ，也更有学校的气氛，奖学金覆盖率比较高。

以我熟悉的计算机专业来说 ，中科院计算所，软件所 和清华的实力，就业 大家都是半斤八两。

但是由于清华的社会声誉以及大家的名校情结，清华的考研难度要高于中科院。