本会的最高权力机构是全国会员代表大会。全国会员代表大会由各单位会员推选的会员代表和上届常务理事会邀请的特邀代表组成。经全国会员代表大会民主选举产生新一届理事会。理事会是全国会员代表大会休会期间的执行机构。理事会全体会议选举产生常务理事会，常务理事会选举产生理事长、副理事长、秘书长。在理事会休会期间，常务理事会负责履行理事会的职责，常务理事会可聘任副秘书长若干名，在秘书长的领导下负责分管日常工作。

本会常设办事机构为秘书处，由秘书长、副秘书长和工作人员组成。由秘书长负责处理学会日常工作。学会根据工作需要，经理事会或常务理事会决定，设置有组织、学术、科普教育、编辑出版、国际交流、科技咨询等工作部，协助理事会或常务理事会工作。

根据学术活动需要，按学科分支设有下列专业委员会及分会：

城市绿化专业委员会

规划设计专业委员会

风景名胜专业委员会

园林植物与古树名木专业委员会

植物保护专业委员会

经济与管理专业委员会

菊花研究专业委员会

信息专业委员会

花卉盆景分会

园林工程分会

为适应社会主义市场经济体制，兴办了与本会宗旨相关的经济实体：

北京中国风景园林规划设计研究中心

中国园林杂志社